به نقل از شورای عالی عتف، کلیه دستگاه‌های مجری ماده ۷ قانون حمایت از شرکتها و موسسات دانش بنیان و تجاری سازی نوآوری ها و اختراعات موظف هستند حداکثر ظرف یک ماه به درخواست‌های متقاضیان جهت استفاده از حمایت مندرج در این قانون رسیدگی کنند و نتیجه نهایی را به متقاضی اعلام کنند.

چنانچه نظر مبنی بر رد درخواست باشد باید به‌طور مستدل به آگاهی درخواست‌کننده برسانند، درخواست‌کننده می‌تواند نزد دبیرخانه اعتراض کند و شورا موظف است ظرف یک ماه به شکایت واصله رسیدگی کند.

بر طبق ماده ۳۰ آیین نامه اجرایی قانون حمایت شرکتها و موسسات دانش بنیان و تجاری سازی نوآوری ها و اختراعات، شرکتها و موسسات دانش بنیان می توانند اعتراض خود را نسبت به عملکرد دستگاههای مجری قانون با ارائه مستندات به دبیرخانه شورا ارسال نمایند. دبیرخانه شورا موظف است ظرف یک ماه نسبت به رسیدگی به اعتراضات واصل شده اقدام کند.

مطابق با ماده (۷) قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و ماده (۳۰) آیین‌نامه اجرایی آن، چنانچه شرکت‌ و مؤسسه دانش‌بنیان شکایتی از سازمان‌ها یا دستگاه‌هایی که موظف به ارائه خدمات و تسهیلات به آنها بودند، داشته باشند، می‌توانند نزد دبیرخانه شورا اعتراض کند.

در راستای اجرای این تکلیف قانونی، در اواخر سال ۱۳۹۵، سامانه دریافت شکایات شرکت‌ها و مؤسسات متقاضی استفاده از مزایای قانون دانش‌بنیان در پرتال دبیرخانه شورا راه‌اندازی شده است.

شرکت‌ها و مؤسسات می‌توانند اعتراض خود را نسبت به فرآیند یا نتیجه ارزیابی و تایید صلاحیت، چگونگی دریافت حمایت‌ها و تسهیلات یا سایر موانع و مشکلات مرتبط با صیانت از شرکت‌های دانش‌بنیان، در این سامانه ثبت کنند.

علاوه بر این، دفتر امور شرکت‌های دانش‌بنیان در پنجره واحد مجتمع نوآوری و شکوفایی شرکت‌های دانش‌بنیان افتتاح شده است. شرکت‌ها می‌توانند با مراجعه به این دفتر، شکایت خود را به صورت حضوری ثبت و فرآیند رسیدگی به آن را پیگیری کنند.